2014年3月4日，新疆維吾爾自治區(qū)人民政府辦公廳印發(fā)《新疆維吾爾自治區(qū)食品藥品監(jiān)督管理局主要職責內設機構和人員編制規(guī)定》，組建新的自治區(qū)食品藥品監(jiān)督管理局，為自治區(qū)人民政府直屬機構，掛自治區(qū)食品安全委員會辦公室牌子。

    新組建局整合了原自治區(qū)食品安全委員會辦公室、原自治區(qū)食品藥品監(jiān)督管理局、質量技術監(jiān)督局生產環(huán)節(jié)食品安全監(jiān)督管理、工商行政管理局流通環(huán)節(jié)食品安全監(jiān)督管理等職責；增加了承擔國家食品藥品監(jiān)督管理總局下放的藥品、醫(yī)療器械質量管理規(guī)范認證等職責；加強了食品安全制度建設和綜合協(xié)調等職責；界定了與自治區(qū)農業(yè)廳、林業(yè)廳、畜牧廳、水產局等10個部門的職責分工。

    新組建局內設機構15個，與原來相比增加5個，分別為：辦公室、綜合處、法制處、食品生產監(jiān)管處、食品流通消費處、風險監(jiān)測與應急管理處、注冊管理處（中藥民族藥監(jiān)管處）、藥品化妝品生產監(jiān)管處、藥品化妝品市場監(jiān)管處、醫(yī)療器械監(jiān)管處、稽查局、科技標準和信息化處、新聞宣傳處、人事教育處、規(guī)劃財務處，另設機關黨委、監(jiān)察室（與紀檢組合署辦公）和離退休人員工作處。