近日，中國水產(chǎn)科學研究院南海水產(chǎn)研究所院級卵形鯧鲹遺傳育種創(chuàng)新團隊和深遠海養(yǎng)殖技術(shù)與品種開發(fā)創(chuàng)新團隊在藍子魚染色體基因組研究方面取得新進展。相關(guān)研究成果分別以《Chromosome-scale genomes of ecologically and economically important rabbitfish Siganus guttatus and Siganus oramin》和《 Chromosome-level genome assembly and annotation of the White-spotted spinefoot Siganus canaliculatus》為題發(fā)表在國際基因組學領(lǐng)域權(quán)威期刊《Genomics》（JCR二區(qū)，IF=3.4，冼霖助理研究員和黃小林助理研究員為第一作者，張殿昌研究員與李啟業(yè)副研究員為通訊作者）、國際科學數(shù)據(jù)共享領(lǐng)域知名期刊《Scientific Data》（JCR一區(qū)，IF=5.8，黃小林助理研究員和冼霖助理研究員為第一作者，張殿昌研究員與李潮副教授為通訊作者）。
本研究綜合運用了多種組學技術(shù)，成功構(gòu)建了黃斑藍子魚和點斑藍子魚的染色體水平基因組圖譜。采用Pacbio長讀長測序、Hi-C染色質(zhì)構(gòu)象捕獲測序、Iso-seq和RNA-seq等技術(shù)，對黃斑藍子魚和點斑藍子魚進行了基因組測序和組裝，獲得的基因組具有較高的完整性和連續(xù)性，其中黃斑藍子魚基因組大小為547.39 Mb，點斑藍子魚基因組大小為642.4 Mb；結(jié)合從頭預(yù)測、同源比對和轉(zhuǎn)錄組輔助等方法，對基因組進行了全面的注釋，包括重復(fù)序列注釋、非編碼RNA預(yù)測和蛋白質(zhì)編碼基因預(yù)測；對兩種藍子魚的基因組進行了比較基因組分析，并與其他魚類物種進行了進化關(guān)系分析，以研究其食性和棲息地的進化適應(yīng)機制。
本研究首次提供了高質(zhì)量的藍子魚染色體水平基因組資源，為藍子魚的遺傳育種、種質(zhì)資源保護和相關(guān)基礎(chǔ)生物學研究奠定了重要基礎(chǔ)。獲取的基因組信息將加速藍子魚的分子標記開發(fā)和基因組選擇育種技術(shù)的應(yīng)用，從而為培育優(yōu)良品種助力。基因組數(shù)據(jù)可用于評估野生種群的遺傳多樣性，指導(dǎo)保護區(qū)的科學規(guī)劃，為藍子魚的可持續(xù)管理提供理論支撐。基因組資源將促進對藍子魚遺傳分化機制、適應(yīng)性進化和重要經(jīng)濟性狀分子機制的深入研究。這一成果為后續(xù)種群遺傳學、保護基因組學和分子育種研究提供了關(guān)鍵資源，有望推動藍子魚養(yǎng)殖業(yè)的可持續(xù)發(fā)展和相關(guān)科學研究的進步。
本研究獲得南鋒專項農(nóng)業(yè)農(nóng)村部重大財政專項、廣東省鄉(xiāng)村振興戰(zhàn)略專項資金種業(yè)振興項目資金（2022SBH00002）、深圳市科技計劃知識創(chuàng)新基礎(chǔ)研究項目（JCYJ20170817103922921）、亞洲合作資金-中國與南海周邊國家現(xiàn)代漁業(yè)合作、國家自然科學基金（32300366）、中國水產(chǎn)科學研究院中央級公益性科研院所基本科研業(yè)務(wù)費專項資金資助（NO.2023TD93）等項目資助。
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https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0888754325000230
https://www.nature.com/articles/s41597-025-04844-w
