本標準為首次制定的標準，規(guī)定了食品用菌種（包括細菌、放線菌、絲狀真菌、酵母及單細胞藻類）的安全性評價程序；適用于食品、食品添加劑用活的微生物菌種（包括細菌、絲狀真菌、酵母、放線菌及單細胞藻類）的安全性評價，不適用于基因改造微生物的安全性評價。
本標準規(guī)定了擬評價微生物菌種的基本資料要求，提出了擬評價微生物菌種評價方法，包括國內(nèi)外安全性評價資料分析，基于全基因組測序數(shù)據(jù)的毒力基因、耐藥基因、毒素產(chǎn)生相關(guān)基因綜合分析，動物致病性、耐藥性、產(chǎn)毒和毒理學試驗，以及其他活性物質(zhì)測定等，并提供了附錄參考方法，來綜合評價食品用菌種的安全性。
