種質(zhì)資源所農(nóng)作物種質(zhì)資源收集保護和評價創(chuàng)新團隊在綠豆（Vigna radiata）基因組組裝及馴化機制研究上取得新進展。研究論文“Telomere-to-telomere, gap-free genome of mung bean （Vigna radiata） provides insights into domestication under structural variation”近日在園藝學(xué)頂級期刊《Horticulture Research》（中科院一區(qū)Top，IF=7.6）在線發(fā)表。

 

　　綠豆是全球重要的一年生豆科作物，具有生長周期短、投入需求低及營養(yǎng)豐富等優(yōu)勢。綠豆經(jīng)過長期馴化，其形態(tài)和生理演化的遺傳機制未被完全揭示。本團隊通過整合PacBio HiFi、Oxford Nanopore和Hi-C測序技術(shù)，首次實現(xiàn)了“濰綠9號”綠豆品種的端粒到端粒（T2T）、無缺口的基因組組裝。500 Mb的基因組包括11條染色體和28,740個蛋白編碼基因，揭示了基因組中49.17%的重復(fù)序列。研究發(fā)現(xiàn)，轉(zhuǎn)座子元素的近期擴增顯著影響了鄰近基因的表達。此外，通過整合結(jié)構(gòu)變異（SV）和單核苷酸多態(tài)性（SNP）數(shù)據(jù)，識別出脂肪酸合成、亞油酸生物合成及苯丙氨酸代謝過程在馴化過程中經(jīng)歷了強烈選擇。這些發(fā)現(xiàn)為解析綠豆馴化遺傳機制、品種改良和新品種選育奠定了基礎(chǔ)。

 

　　種質(zhì)資源所賈凱華博士為該論文第一作者，李娜娜研究員和李冠博士為通訊作者。研究得到了山東省現(xiàn)代農(nóng)業(yè)雜糧產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系、山東省農(nóng)業(yè)良種工程、國家自然科學(xué)基金、山東省自然科學(xué)基金和山東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)科技創(chuàng)新工程的支持。

 

　　栽培綠豆和野生綠豆群體基因組變異。栽培群體和野生群體私有SV（A）和SNP（B）數(shù)量；（C）不同變異水平與基因表達的關(guān)系；（D）栽培群體和野生群體高分化區(qū)域11個顯著差異基因的基因表達；（E）栽培群體和野生群體間XP-CLR分析；（F）前5%XP-CLR識別位點涉及基因的富集分析。

 

　　文章鏈接地址：https://academic.oup.com/hr/advance-article/doi/10.1093/hr/uhae337/7914454?searchresult=1&login=false

 

　?。ㄗ澹嘿Z凱華  核稿：張正）