日前，中國水產(chǎn)科學研究院淡水漁業(yè)研究中心傅洪拓研究員團隊與華大海洋研究院石瓊研究員團隊合作，完成了染色體水平青蝦基因組圖譜拼裝，該項工作是青蝦和蝦蟹類基因組研究的重要突破。研究結(jié)果已于2021年1月18日在線發(fā)表在GigaScience，淡水漁業(yè)研究中心金舒博博士等為第一作者，傅洪拓研究員等為通訊作者。

 

　　研究團隊依托江蘇省水產(chǎn)三新工程“基于全基因組測序的青蝦種質(zhì)資源和功能基因挖掘（D2015-16）”等項目的資助，對青蝦進行全基因組測序和拼裝。由于青蝦基因組約為4.57Gb,屬于養(yǎng)殖蝦蟹類中已知基因組最大的，同時雜合度較高，因此基因組拼裝面臨諸多困難。自2015年起，、研究團隊開展了青蝦全基因組二代Illumina測序、三代Pacbio測序及Hic測序，測序總量超過1500G。歷時5年攻關(guān)，最終完成了染色體水平青蝦全基因組圖譜拼裝。拼裝的青蝦基因組總長4.5G，Scaffold N50為86.8 Mb，BUSCO值達到92.6%；結(jié)合HIC文庫，組裝出49條青蝦染色體；全基因組共預測到了44，086個蛋白編碼基因，其中39,317個基因被功能注釋，挖掘性別相關(guān)基因21個；通過4dTv分析發(fā)現(xiàn)，青蝦在大約1億年前經(jīng)歷過一次全基因組復制（WGD）事件；基因組進化分析顯示青蝦與L. vannamei和P. virginalis的共同祖先在大約3.27億年前分離。

 

　　青蝦是我國重要的淡水養(yǎng)殖蝦類，全國年養(yǎng)殖產(chǎn)量超過20萬噸，年產(chǎn)值約200億元，青蝦養(yǎng)殖已成為農(nóng)業(yè)增效、農(nóng)民增收的重要途徑。染色體水平青蝦全基因組圖譜的完成，可為青蝦重要功能基因挖掘、分子育種、性別控制機制等研究提供強有力的背景支持，具有重要的學術(shù)價值和產(chǎn)業(yè)應(yīng)用前景。