為了保證《食品安全法》中食品安全國家標準有關(guān)工作的落實，規(guī)范食品安全標準管理工作，衛(wèi)生部起草并發(fā)布了《食品安全國家標準管理辦法》。（辦法全文見：食品安全國家標準管理辦法（衛(wèi)生部令第77號））
該辦法分七章，包括：總則，規(guī)劃、計劃和立項，起草，審查，批準和發(fā)布，修改和復(fù)審，附則，共計四十二條。
《辦法》規(guī)定了食品安全國家標準規(guī)劃和制（修）訂計劃的內(nèi)容及制定程序、標準起草過程要求、公開征求意見要求、標準審查程序、標準批準發(fā)布形式及實施后的管理等。
《辦法》從內(nèi)容上體現(xiàn)出以下特點：
一是強調(diào)了標準制定過程的科學(xué)性，要求以食品安全風(fēng)險評估結(jié)果和食用農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全風(fēng)險評估結(jié)果為制定標準的主要依據(jù)，參照國際食品法典標準，同時充分考慮我國的社會經(jīng)濟發(fā)展水平。
二是在標準起草、審查等環(huán)節(jié)均體現(xiàn)了公開透明原則。要求標準在起草完成后，應(yīng)當(dāng)書面征求標準使用單位、科研院校、行業(yè)和企業(yè)、消費者、專家、監(jiān)管部門等各方面意見。經(jīng)審評委員會秘書處初審?fù)ㄟ^的標準，要在衛(wèi)生部網(wǎng)站上公開征求意見。
三是鼓勵社會廣泛參與食品安全國家標準工作。任何單位和個人都可以提出標準制（修）訂的建議，對公開征求意見的標準草案發(fā)表意見，對標準實施過程中存在的問題提出意見和建議。
四是突出標準審查工作的重要性。《食品安全法》規(guī)定食品安全國家標準應(yīng)當(dāng)經(jīng)食品安全國家標準審評委員會審查通過。為了保證標準審查質(zhì)量，根據(jù)《食品安全國家標準審評委員會章程》，將審評委員會內(nèi)的審查細化為秘書處初審、專業(yè)分委員會審查、主任會議審議三個環(huán)節(jié)，同時增設(shè)衛(wèi)生部衛(wèi)生監(jiān)督中心審核環(huán)節(jié)。該中心多年來一直承擔(dān)著對各專業(yè)衛(wèi)生標準報批材料的審核工作，有豐富的工作經(jīng)驗，增設(shè)此環(huán)節(jié)，有利于保證報至衛(wèi)生部的標準報批材料的規(guī)范性。
據(jù)悉，2009年4月，在衛(wèi)生部發(fā)布的《衛(wèi)生標準管理辦法》的基礎(chǔ)上，根據(jù)《食品安全法》的有關(guān)規(guī)定，結(jié)合食品安全國家標準工作特點，衛(wèi)生部組織起草了《食品安全國家標準管理辦法（草案）》，并征求有關(guān)部委和各省級衛(wèi)生廳局的意見。2010年2月，衛(wèi)生部發(fā)布《食品安全國家標準審評委員會章程》后，根據(jù)章程和2009年7月20日公布的《食品安全法實施條例》，衛(wèi)生部對《草案》進行了修改完善，并再次征求有關(guān)部委和各省級衛(wèi)生廳局的意見。2010年4月30日至5月25日，衛(wèi)生部將《草案》在國務(wù)院法制辦網(wǎng)站向社會公開征求意見，共收到439條意見。根據(jù)收集到的反饋意見，衛(wèi)生部對《草案》作了進一步修改，最終形成了《食品安全國家標準管理辦法》。
