近日，中國農(nóng)業(yè)科學院鄭州果樹研究所桃遺傳育種團隊首次集成桃基因組、表觀遺傳組、群體遺傳變異及多維度表型數(shù)據(jù)，并深度整合基因編輯設計與全基因組關聯(lián)分析等工具，發(fā)布桃多組學數(shù)據(jù)庫PeachMD。該研究為推動桃分子育種和功能基因組學研究提供數(shù)據(jù)支持。相關研究成果發(fā)表在《分子園藝（Molecular Horticulture）》上。
當前，桃遺傳育種研究產(chǎn)生了海量的基因組、轉(zhuǎn)錄組、表觀遺傳組等多維度數(shù)據(jù)。如何高效整合和深度挖掘這些龐大復雜的數(shù)據(jù)，是研究者面臨的關鍵挑戰(zhàn)。
該數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)整合了桃研究的多組學資源。其中，基因組方面整合12個桃基因組，支持基因組間比較分析。轉(zhuǎn)錄組方面匯集329個轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集，涵蓋不同組織與發(fā)育階段。表觀遺傳組方面包含102個全基因組甲基化測序數(shù)據(jù)。群體變異與表型數(shù)據(jù)方面整合1313份桃種質(zhì)資源基因組數(shù)據(jù)和關聯(lián)的13類關鍵農(nóng)藝性狀表型。
該數(shù)據(jù)庫不僅包含大量數(shù)據(jù)，更提供了強大的分析功能。便捷檢索功能支持通過基因ID、啟動子、蛋白結(jié)構(gòu)域等多種方式查詢基因信息。基因比較工具可以方便用戶在不同參考基因組間進行基因位置轉(zhuǎn)換比對。育種研究工具將基因編輯靶點設計與全基因組關聯(lián)分析工具聯(lián)動，覆蓋從基因挖掘到分子設計育種的完整流程。數(shù)據(jù)庫顯著提升了數(shù)據(jù)獲取與分析的效率，將有力推動桃功能基因組學深入研究和分子育種技術的加速發(fā)展。
該研究得到了國家自然科學基金、中國農(nóng)業(yè)科學院科技創(chuàng)新工程等項目資助。
原文鏈接：https://doi.org/10.1186/s43897-025-00157-z
