近日，中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院黃海水產(chǎn)研究所海洋漁業(yè)資源分子生態(tài)學(xué)研究團(tuán)隊(duì)成功破譯了鳀（Engraulis japonicus）染色體水平基因組，成果以“Chromosome-level genome assembly and annotation of Japanese anchovy （Engraulis japonicus）”為題發(fā)表在Scientific Data上。這是該團(tuán)隊(duì)在海水魚(yú)類(lèi)資源分子生態(tài)研究方向取得的又一重要成果，是基因組學(xué)技術(shù)在漁業(yè)資源生態(tài)研究的拓展應(yīng)用，為深入理解魚(yú)類(lèi)資源對(duì)環(huán)境適應(yīng)的分子機(jī)制和管理海洋魚(yú)類(lèi)種群提供了科學(xué)依據(jù)。
鳀是西北太平洋重要的中上層小型魚(yú)類(lèi)，主要分布在我國(guó)渤、黃、東海，朝鮮半島沿海以及日本周邊海域。鳀曾是我國(guó)黃東海單一物種資源量最大的魚(yú)種，20世紀(jì)90年代年漁獲量高達(dá)百萬(wàn)噸；鳀也是黃東海食物網(wǎng)關(guān)鍵種，其資源興衰直接影響到藍(lán)點(diǎn)馬鮫、帶魚(yú)等肉食性經(jīng)濟(jì)魚(yú)類(lèi)的餌料供應(yīng)，在漁業(yè)生態(tài)系統(tǒng)食物鏈中承擔(dān)能量傳遞的“橋梁”作用，具有極高的生態(tài)價(jià)值和經(jīng)濟(jì)價(jià)值。進(jìn)入新世紀(jì)以來(lái)，黃東海鳀資源急劇衰退，漁獲物低齡化、小型化現(xiàn)象明顯，群體密度日益下降，目前已難以形成漁汛。不言而喻，鳀資源的可持續(xù)利用不僅關(guān)系區(qū)域漁業(yè)經(jīng)濟(jì)，更是維護(hù)黃東海生態(tài)系統(tǒng)穩(wěn)定的關(guān)鍵所在。該團(tuán)隊(duì)所發(fā)布的高質(zhì)量鳀基因組為進(jìn)一步挖掘該物種的遺傳資源和研究小型中上層魚(yú)類(lèi)適應(yīng)性進(jìn)化以及資源高值化技術(shù)奠定數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。
研究團(tuán)隊(duì)采用PacBio HiFi、Hi-C技術(shù)和Illumina短讀測(cè)序技術(shù)，首次構(gòu)建了鳀的高質(zhì)量染色體水平基因組。該基因組大小為1467.6Mb，contig N50長(zhǎng)度為456.3kb，其中1423.3MB錨定至24條染色體，覆蓋95.2%的組裝序列。BUSCO評(píng)估顯示基因組完整性高達(dá)94.07%；注釋了780.9Mb（54.9%）重復(fù)序列，重復(fù)序列中，長(zhǎng)散在核元件（LINE）、短散在核元件（SINE）、長(zhǎng)末端重復(fù)序列（LTR）和衛(wèi)星DNA序列分別占基因組的6.3%、0.9%、9.1%和2.7%；組裝基因組雜合度高達(dá)2.3%；預(yù)測(cè)了24,405個(gè)蛋白編碼基因，其中97.15%的功能基因獲得數(shù)據(jù)庫(kù)注釋?zhuān)瑫r(shí)預(yù)測(cè)出23984個(gè)非編碼RNA（ncRNAs）；經(jīng)組裝準(zhǔn)確性和連續(xù)性驗(yàn)證，HiFi和Hi-C數(shù)據(jù)映射率達(dá)100%，Merqury QV值為49.74。
論文鏈接：https://doi.org/10.1038/s41597-025-04423-z
