近日，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所牛遺傳育種科技創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)通過(guò)整合多組學(xué)信息，研發(fā)基因組預(yù)測(cè)新方法，顯著提升了肉牛重要經(jīng)濟(jì)性狀的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性，為揭示復(fù)雜性狀遺傳基礎(chǔ)和優(yōu)化基因組選擇策略提供了新思路。相關(guān)研究成果發(fā)表在《生物學(xué)指南（Biology Direct）》上。
國(guó)內(nèi)外研究表明，利用轉(zhuǎn)錄組、表觀組等多組學(xué)信息可有效鑒定與表型相關(guān)的功能調(diào)控位點(diǎn)，同時(shí)，把基因表達(dá)、表觀修飾等信息整合到預(yù)測(cè)模型，可顯著提高預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性。研究團(tuán)隊(duì)基于華西牛的43個(gè)經(jīng)濟(jì)性狀表型和填充測(cè)序變異，構(gòu)建了覆蓋基因組、轉(zhuǎn)錄組、代謝組和表觀組等層次的11個(gè)功能SNPs分組，研發(fā)了整合組學(xué)基因組預(yù)測(cè)方法。
研究發(fā)現(xiàn)，本方法與WGS數(shù)據(jù)相比，高評(píng)分的前10%SNPs組的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率大幅提高?；赪GS數(shù)據(jù)的高評(píng)分前10%SNPs組，BayesB模型下預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率平均提高11.6%，GBLUP方法平均提高7.54%。在與肉牛經(jīng)濟(jì)效益顯著相關(guān)的日增重和宰前活重兩個(gè)性狀上，BayesB預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率分別提高6.70%和5.73%。本研究為整合組學(xué)信息優(yōu)化變異篩選，提高基因組預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性，研發(fā)改進(jìn)基因組選擇策略提供了新思路。
中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所研究生趙志達(dá)、牛群皓為第一作者，朱波副研究員、徐凌洋研究員和李俊雅研究員為共同通訊作者。該研究得到了國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃和國(guó)家自然科學(xué)基金等項(xiàng)目的資助。
原文鏈接：https://biologydirect.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13062-024-00574-y
