小麥660K和90K SNP芯片是目前小麥基因挖掘過程中常用的兩款芯片，分別基于中國春1.0和0.4版本的參考基因組設(shè)計(jì)，基因組版本不同使得兩款芯片的物理位置無法直接比較。矮抗58是黃淮麥區(qū)2005年審定的主栽品種，2013年獲得國國家科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)，2023年矮抗58高質(zhì)量參考基因組釋放，因此，我們將小麥660K和90K SNP芯片標(biāo)記的側(cè)翼序列重新比對到矮抗58參考基因組以獲得準(zhǔn)確、可比較的標(biāo)記物理位置。結(jié)果表明，在小麥660K和90K SNP芯片中，分別有92.3%和83%的I型標(biāo)記被精確定位到矮抗58參考基因組。
面團(tuán)流變學(xué)特性和淀粉糊化特性是影響小麥加工品質(zhì)的重要因素。對黃淮麥區(qū)兩套關(guān)聯(lián)群體和一個(gè)重組近交系群體（RIL，藁城8901/周麥16）分別進(jìn)行了面團(tuán)流變學(xué)性狀調(diào)查，包括面團(tuán)穩(wěn)定時(shí)間、吸水率等9個(gè)品質(zhì)性狀，其中關(guān)聯(lián)群體I由小麥660K芯片進(jìn)行基因分型，關(guān)聯(lián)群體II 和RIL群體由小麥90K芯片進(jìn)行基因分型?；诟潞蟮男酒锢砦恢?，GWAS共挖掘到26個(gè)顯著區(qū)段與9個(gè)品質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)，其中兩個(gè)關(guān)聯(lián)群體挖掘到位于1D染色體上8.4 Mb的重疊區(qū)段與穩(wěn)定時(shí)間顯著關(guān)聯(lián)。QTL定位分析進(jìn)一步挖掘到2個(gè)QTL與該區(qū)段重疊，分別為1.64 Mb（QST.hau-1D.2）和4.81 Mb（QST.hau-1D.3）。共線性分析表明，35個(gè)注釋基因位于兩個(gè)QTL區(qū)段內(nèi)，進(jìn)一步通過基因功能注釋、基因表達(dá)量分析、t檢驗(yàn)等手段，預(yù)測到7個(gè)調(diào)控小麥面團(tuán)穩(wěn)定時(shí)間的潛在候選基因，并分析了優(yōu)異單倍型，從而為小麥品質(zhì)育種提供了重要基因資源。
河南農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)學(xué)院孫叢葦副教授為該論文第一作者，河南農(nóng)業(yè)大學(xué)陳鋒教授、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院何中虎研究員、高麗鋒副研究員為論文共同通訊作者，中國農(nóng)科院作科所賈繼增、河南農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)學(xué)院碩士研究生井震海等參與了研究工作。該研究受到農(nóng)業(yè)生物育種國家科技重大專項(xiàng)（2023ZD04069）、國家自然科學(xué)基金青年項(xiàng)目（32201849）、河南省重大科技專項(xiàng)（232102111109）的資助。
文章鏈接：https://doi.org/10.1016/j.jare.2025.01.011
