2014年3月4日，新疆維吾爾自治區(qū)人民政府辦公廳印發(fā)《新疆維吾爾自治區(qū)食品藥品監(jiān)督管理局主要職責(zé)內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)和人員編制規(guī)定》，組建新的自治區(qū)食品藥品監(jiān)督管理局，為自治區(qū)人民政府直屬機(jī)構(gòu)，掛自治區(qū)食品安全委員會(huì)辦公室牌子。
新組建局整合了原自治區(qū)食品安全委員會(huì)辦公室、原自治區(qū)食品藥品監(jiān)督管理局、質(zhì)量技術(shù)監(jiān)督局生產(chǎn)環(huán)節(jié)食品安全監(jiān)督管理、工商行政管理局流通環(huán)節(jié)食品安全監(jiān)督管理等職責(zé)；增加了承擔(dān)國家食品藥品監(jiān)督管理總局下放的藥品、醫(yī)療器械質(zhì)量管理規(guī)范認(rèn)證等職責(zé)；加強(qiáng)了食品安全制度建設(shè)和綜合協(xié)調(diào)等職責(zé)；界定了與自治區(qū)農(nóng)業(yè)廳、林業(yè)廳、畜牧廳、水產(chǎn)局等10個(gè)部門的職責(zé)分工。
新組建局內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)15個(gè)，與原來相比增加5個(gè)，分別為：辦公室、綜合處、法制處、食品生產(chǎn)監(jiān)管處、食品流通消費(fèi)處、風(fēng)險(xiǎn)監(jiān)測(cè)與應(yīng)急管理處、注冊(cè)管理處（中藥民族藥監(jiān)管處）、藥品化妝品生產(chǎn)監(jiān)管處、藥品化妝品市場(chǎng)監(jiān)管處、醫(yī)療器械監(jiān)管處、稽查局、科技標(biāo)準(zhǔn)和信息化處、新聞宣傳處、人事教育處、規(guī)劃財(cái)務(wù)處，另設(shè)機(jī)關(guān)黨委、監(jiān)察室（與紀(jì)檢組合署辦公）和離退休人員工作處。
