2013年5月31日，臺(tái)灣地區(qū)"衛(wèi)生福利部組織法"草案和相關(guān)組織法草案由"立法院"三讀通過。6月19日，公布制定"衛(wèi)生福利部組織法"和相關(guān)組織法。7月23日，"行政院衛(wèi)生署"整并"內(nèi)政部"相關(guān)社福業(yè)務(wù)單位與"教育部""國立中國醫(yī)藥研究所"升格為"衛(wèi)生福利部",是臺(tái)灣地區(qū)公共衛(wèi)生、醫(yī)療和社會(huì)福利等事務(wù)的最高主管機(jī)關(guān)，同時(shí)監(jiān)督各縣市政府衛(wèi)生與社會(huì)局（處）。
為配合"衛(wèi)生福利部"成立，"衛(wèi)生署食品藥物管理局"自2013年7月23日起更名為"衛(wèi)生福利部食品藥物管理署".新任署長由"衛(wèi)生福利部"次長許銘能兼任，組織架構(gòu)設(shè)置仍維持7個(gè)業(yè)務(wù)組、北、中、南3個(gè)區(qū)管中心及5個(gè)行政單位。僅有小部分業(yè)務(wù)調(diào)整，即藥師與營養(yǎng)師管理業(yè)務(wù)移至衛(wèi)生福利部醫(yī)事司、國民營養(yǎng)業(yè)務(wù)移至衛(wèi)生福利部國民健康署辦理。
